Pocos ejemplos de sus primeros trabajos se han recolectado, todos ellos esbozos, de lo que se deduce que su trabajo se haya vuelto más fuerte y maduro sólo después de 1851.

Sus primeras pinturas en este período fueron principalmente escenas históricas influenciadas por Bezzuoli - frecuentemente escenas de la historia del Medioevo o del Renacimiento.

Se integra a las batallas por la unidad de Italia.

El otro tema recurrente es el paisaje, en particular su tierra, la maremma toscana.

En Livorno se la ha dedicado el Museo Giovanni Fattori, recientemente trasladado a la Villa Mimbelli, que alberga una importante colección de los Macchiaioli y de los Postmacchiaioli.