Scopoli nació en Cavalese, en el Val di Fiemme; su padre era un abogado.Obtuvo el doctorado en medicina en la Universidad de Innsbruck, ejerció la profesión médica en Cavalese y después en Venecia.En 1761 publicó De Hydroargyro Idriensi Tentamina, que trataba sobre los síntomas debidos al envenenamiento por el mercurio causado en el trabajo en la minería.Su último trabajo fue Deliciae Flora et Fauna Insubricae (1786-88), en el que se incluyen los nombres científicos de los pájaros y de los mamíferos descritos por Pierre Sonnerat en sus apuntes de viaje.La abreviatura Scopoli se emplea para indicar a Giovanni Antonio Scopoli como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.