Durante los últimos años de su vida tuvo como compañeros a los principales compositores de la escuela veneciana: Claudio Merulo, Girolamo Diruta y Giovanni Croce, así como Vincenzo Galilei, y el polemista Giovanni Artusi.
Sus motetes son de buena factura y muestran su dominio del contrapunto.
Fue igualmente el primero en intentar explicar la norma que prohibía las quintas y octavas paralelas en la conducción del contrapunto.
A partir de estas relaciones crea un sistema basado en tonos grandes, tonos pequeños así como tres tipos de semitonos, diatónico grande, pequeño y cromático.
Los escritos de Zarlino fueron publicados por primera vez por Francesco Franceschi y difundidos por toda Europa hacia finales del siglo XVI.