El 1 de agosto de 2011, Kontoes firmó un contrato de tres años con el AEK Atenas, pero jugaría hasta el mes diciembre de 2012, cuando Kontoes decidió "romper" su contrato con el AEK Atenas por motivos económicos.
El 4 de septiembre de 2014, Kontoes firmó un contrato con Atromitos, en el que jugaría durante tres temporadas.
En la temporada 2019-20, firma por el CFR Cluj de la Liga I.
Desde 2020 a 2022, jugaría en las filas del Panionios de Atenas, poniendo fin a su etapa como jugador al término de la temporada 2021-22.
Finalizada su carrera como futbolista, el 13 de junio de 2023, es presentado como segundo entrenador del FC Cartagena de la Segunda División de España, volviendo a trabajar con Víctor Sánchez del Amo.