En el verano de 2006 fichó por el Panathinaikos FC, pero solamente pudo jugar 15 partidos debido a una lesión.
Sin embargo, repetidas lesiones le impidieron jugar con regularidad, participando sólo en 16 de las 42 jornadas ligueras y decidió poner fin a su carrera como jugador para empezar a prepararse como entrenador.
Durante su carrera como futbolista profesional disputó un total de 516 partidos oficiales en los clubes a los que perteneció, Real Madrid CF, Real Racing Club de Santander, Real Club Deportivo de la Coruña, Panathinaikos CF y Elche CF, así como en la selección española absoluta y sub-21.
[5] Al final de la liga consigue la permanencia del Deportivo en Primera División tras sumar una victoria, cinco empates y dos derrotas en 8 partidos.
El punto definitivo fue logrado en la última jornada empatando (2-2) en el Camp Nou frente a un FC Barcelona que se proclamó campeón de Liga esa temporada.
[10] Sin embargo, su aventura helena duró poco, ya que fue sustituido por Paulo Bento tras caer eliminado en la ronda previa de la Champions.
Sumó 6 victorias, un empate y una derrota, logrando clasificarse para la promoción de ascenso al finalizar tercero la Liga regular.
Sin embargo, llegó a un acuerdo con el club para renovar su contrato por un año más.
[23] Sin embargo, el 23 de septiembre de 2023, fue destituido debido a los malos resultados cosechados, habiendo sufrido la sexta derrota del FC Cartagena en siete partidos.