Sin embargo, su simpatía hacia los nacionalistas italianos le hicieron tener problemas con las autoridades austriacas, y a pesar de contar con la protección eclesiástica, se vio obligado a dimitir en 1853.
También se consagrará como poeta al publicar su primer libro en 1868.
En 1872 muere su madre y Zanella cae en una fuerte depresión que le obliga a abandonar su puesto de profesor.
El último libro que publicó contiene una colección de sonetos de "gran belleza y exquisita composición formal".
Murió en Monticello Conte Otto, Vicenza, a los 59.