La historia gira en torno a un grupo de jóvenes estudiantes universitarios afiliados a un club llamado «Sociedad por el estudio de la cultura visual moderna» (現代視覚文化研究会, Gendai shikaku bunka kenkyūkai?
La historia toma fuerza con la llegada de nuevos miembros entre los cuales se encuentra un joven que encaja perfectamente en el estereotipo de un otaku; otro joven que, a la inversa, nunca encajaría en este estereotipo por su apariencia física (es guapo, viste a la moda y tiene mucho éxito con las chicas); una joven hasta cierto punto «normal» y frívola; y finalmente otra joven recién llegada de los Estados Unidos que es aficionada al cosplay.
Tomando estos elementos se puede ver muy bien lo que es la vida diaria de un típico otaku, las convenciones especializadas en fanzines, los videojuegos, el cosplay, los model kits, etc.
Todo esto en torno a las reuniones diarias en el local universitario del club.
Al principio esta en negación acerca de su naturaleza otaku, pero poco después Sasahara finalmente se acepta como tal.
Mientras Sasahara es un otaku "normal", su inquebrantable lealtad a un único personaje ("Ritsuko Kübel Kettenkrad", la "Presidenta" de la serie "Kujibiki Unbalance") le hace sobresalir entre los demás.
Si bien no es completamente seguro en sí mismo, es capaz de encontrar un empleo como un editor de manga y contraatacar incluso contra sus propias dudas para confesar sus sentimientos a Chika Ogiue.
Al final del primer lanzamiento del manga, Sasahara aún está saliendo con Ogiue y acepta el hecho de que ella le está usando como un modelo directo de dōjinshi.
Es una chica normal que detesta a los otakus siendo incapaz de entender sus gustos desmedidos.
Saki asistía constantemente al Genshiken por su novio, aunque no se consideraba miembro de este.
A pesar de su nula afición hacia la cultura otaku, a lo largo de la serie realiza varias acciones paradójicas, como salvar la asociación cuando el Consejo Estudiantil iba a cerrarla o realizar un cosplay como castigo tras haber sido la causante del cierre parcial del Genshiken por el incendio que provocó.
Ogiue tiene la tendencia a fantasear con encuentros homosexuales "yaoi" entre los hombres que ella conoce en la vida real, especialmente Sasahara y Madarame.
Se caracteriza distintivamente por su peinado como pincel, y cuando se exalta su último recurso es tratar de saltar de una ventana cercana, no importa en qué piso del edificio esté.
En secundaria, a petición de su amigo Nakajima, Ogiue dibujó un dōjinshi yaoi basado en su novio Makita, con quien ella había estado saliendo secretamente.
Makita encontró el dōjinshi y avergonzado luego se transfirió a una escuela diferente.
Usa expresiones y movimientos exagerados, tomando muchas veces frases y gestos de muchos personajes del anime.No se avergüenza de hacer cosplay del género sexual que sea.
Dos veces se esfuerza para ser nombrado el próximo Presidente de Genshiken, solo para ser sobrepasado por Ohno y, a continuación, Ogiue.
Ella es delgada, usa gafas, es brillante y alegre, pero también es un poco manipuladora como se ve cuando obtuvo todos los cosplay, una hazaña que ni siquiera Ohno podría lograr.
Incluso después de que los miembros de Genshiken descubren su secreto, Hato insiste en transformarse para las reuniones, el antiguo miembro del Genshiken, Madarame deja a Hato cambiarse en su apartamento.
De hecho, tuvo un tiempo difícil con Yajima, por creer que alguien que ve tan hermosa como una chica realmente no podía ser un chico, pero ella vio la evidencia de primera mano cuando Yoshitake y Hato llegaron a su apartamento y el trío llegó borracho.
Este personaje es el primer presidente del club, cuyo nombre nunca se revela.
Es inquietantemente tranquilo y muy sigiloso, se traslada de un lugar a otro como humo sin que nadie lo vea (asusta a Saki en particular), aunque él parece inofensivo en gran medida en la superficie.
La única razón para hacerlo es para unirse a Genshiken y estar más cerca de Kousaka.
Ella es muy aficionada a la serie de manga y anime General Gyororo.
Ángela no parecen ser capas de hablar mucho con los japoneses, con su vocabulario limitado a términos como sō-uke ("total inferior," obviamente aprendida a través de su interés en yaoi dōjinshi).
En el capítulo 63 del relanzamiento de Genshiken, ella es llamada como "Naoko" por Yabusaki.
En algunas escenas se aprecia además menciones disimuladas de animes como Code Geass, Monogatari Series, Gundam, Haruhi Suzumiya, Madoka Magica, Lucky Star y, por supuesto, Kujibiki Unbalance