Con la llegada de la Segunda Guerra Mundial en 1939, la liga fue restringida debido a que Pomerania tenía cercanía geográfica con Polonia, la cual en ese entonces era una zona de guerra, por lo que solo nueve equipos jugaron en la temporada 1939/40 divididos en dos grupos, uno de cinco equipos y el otro de 4.
Después de 1940 la liga fue dominada por equipos militares como el LSV Pütnitz, y luego de vencer a Polonia en la guerra, el fútbol volvió a la normalidad en Pomerania aunque la liga continuaba dividida en dos grupos: el oeste con ocho equipos y el este con seis, pero a partir de 1941 ambos grupos pasaron a ser de seis equipos y en la última temporada participaron equipos representantes de las fuerzas armadas de la Alemania Nazi: 5 de la Fuerza Aérea, uno de la Naval y uno de la Fuerza Armada.
Debido al colapso de la Alemania Nazi en 1945, las Gauligas fueron seriamente afectadas y Pomerania fue dividida en seis regiones separadas y el fútbol fue detenido a causa de la llegada del Ejército Rojo a Pomerania.
La parte de la zona perteneciente a Alemania Democrática pasó a jugar en la DDR-Oberliga (primera división), los clubes de Polonia se integraron a la estructura del fútbol de ese país,y los clubes que participaron en la liga fueron oficialmente desaparecidos.
Estos fueron los catorce equipos que participaron en la primera temporada de la liga en 1933/34:[1] Grupo Oeste Grupo Este