La música o los tonos tales como los tonos de DTMF o de fax no pueden ser transportados confiablemente con este códec, y se utiliza G.711 o métodos de señalización fuera de banda para transportar esas señales.
También es muy común G.729a el cual es compatible con G.729, pero requiere menos cómputo.
Esta menor complejidad afecta en que la calidad de la conversación es empeorada marginalmente.
Estas tramas que son transmitidas para actualizar los parámetros del ruido de fondo se llaman tramas SID.
Este tema también se trata por el estándar del anexo B.