El epíteto específico de la especie tipo, F. protensa, hace referencia a su tronco alargado, mientras que F. xiaoshibaensis se refiere a la población de Xiaoshiba, cercana al lugar donde se encontró.

El anterior de Fuxianhuia está encerrado en un esclerito ovalado, del que emergen dos ojos pedunculados.

Detrás del tórax hay una región abdominal más estrecha, que consta de 14 tergitos, sin apéndices.

[1]​[6]​ En 2012, se describió un fósil de Fuxianhuia con una preservación excepcional del cerebro y los lóbulos ópticos.

[7]​ La forma y la complejidad corresponden aproximadamente a las de un cerebro malacostracano moderno.

Este fenómeno está clara mente expresado con la presencia de 16 terguitos abdominales en F. xiaoshibaensis, comparado a los 12 – o en ocasiones excepcionales 13 – de F. protensa, pese a su máximo torático siendo similar.