Durante varios años Favaloro financió con sus propios recursos la mayor parte de los gastos.

Regresó a la Argentina en 1971, traído al país por su amigo el eminente cardiólogo Luis De la Fuente, tras presentar su renuncia en la Cleveland Clinic.

En 1988 la fundación recibió un Diploma al Mérito Konex por su trayectoria y aporte a la comunidad.

A finales del siglo XX, la Fundación se vio inmersa en importantes deudas, agravadas debido a que el PAMI no cancelaba la millonaria deuda que tenía con la institución.En ese momento, el interventor del PAMI Horacio Rodríguez Larreta, se negó a cancelar la deuda millonaria que la entidad mantenía con la Fundación.

Sin embargo, la Fundación consiguió superar la crisis y continuó con el legado de Favaloro.