Según algunas fuentes, la familia tiene sus raíces en el siglo X cuando fue Taira no Masakado en su revuelta contra el gobierno de Kyoto.
Su mayor logro llegó en 1580, cuando los ninjas Fuma infiltrados en secreto y atacado en la noche un campamento bajo el mando de Takeda Katsuyori, lograron causar un grave caos en el campo que dio lugar a una masa fratricida entre los enemigos desorientados.
En 1590, Toyotomi Hideyoshi sitió el Castillo de Odawara, que finalmente cayó y el clan Hojo se vio obligado a rendirse.
Una historia popular dice que en 1596 fue responsable de la muerte del famoso ninja Hattori Hanzo al servicio de Tokugawa Ieyasu, quien le siguió hasta un canal del Mar Interior donde Kotaro le atrajo, y donde una marea atrapó a los cañoneros Tokugawa.
Su sucesor fue Takeda Nobushige - segundo hijo del daimyo del período Sengoku Sanada Masayuki -, un gran guerrero respetado de su época y conocido como Sanada Yukimura.