La predecesora de la Fuerza Aérea de Níger, la Escuadrilla Nacional de Níger (en francés: Escadrille Nationale du Niger) se formó por primera vez en 1961, más tarde se reestructuró en el Ala Aérea Nacional (en francés: Groupement Aérien National) en 1989.

Organizativamente, la fuerza aérea está formada por una Oficina del Jefe del Estado Mayor, unidades de operación (en francés: escadrons), unidades técnicas, una compañía militar de infantería (compagnie de fusilliers) y personal general.

El Jefe del Estado Mayor de la Fuerza Aérea de Níger, es el coronel Abdoul Kader Amirou (Chef d'état major).

Los oficiales, pilotos y mecánicos de la fuerza aérea también reciben capacitación en Francia, Estados Unidos y varios países del África del Norte, como Marruecos, en la academia de la Real Fuerza Aérea de Marruecos en Marrakech, y en Argelia, además, se realizan actividades de capacitación local con socios extranjeros (Estados Unidos, Francia, etc.) para actualizar las habilidades de las tropas.

En 2014, una compañía logística fue entrenada y equipada por Estados Unidos con camiones militares, combustible, agua potable, ambulancias y vehículos todoterreno con tracción en las cuatro ruedas (4x4) armados.