La Fuerza Aérea Eslovaca ha estado bajo mando del mayor general Martin Babiak desde mayo de 2010.
Mientras que estaban involucrados en el frente del este, los obsoletos biplanos al servicio de Eslovaquia fueron substituidos por aviones de combate alemanes, incluyendo Messerschmitt Bf 109.
En 1948, Checoslovaquia se convirtió en un país comunista de economía centralista planificada, y la fuerza aérea adoptó los aviones y la organización usados por la Unión Soviética.
Las bases eslovacas no estaban inicialmente en condiciones técnicas suficientes para manejar los aviones y tecnología transferidos desde las bases checas, y hubieron de realizarse mejoras considerables en infraestructuras para poner en funcionamiento la nueva fuerza aérea.
Lockheed Martin ha completado la entrega de los dos primeros aviones F-16 Block 70 a Eslovaquia a principios de 2024, los aviones fueron fabricados en Greenville, Carolina del Sur.