Su actual estructura se construyó en 1738 para repeler a los piratas moros de Mindanao.
A finales del siglo XIX también sirvió como bastión de los revolucionarios filipinos.
Durante la II Guerra Mundial fue empleado por los ocupantes japoneses como refugio y hospital.
A lo largo del siglo XX tuvo varios usos, tales como jardín y parque zoológico, y albergó oficinas administrativas, quedando algunas zonas del recinto en estado de abandono o ruina.
El terreno en el que se encuentra, sin embargo, es propiedad del Departamento de Medio Ambiente y Recursos Naturales.