Fue erigido por los Caballeros Hospitalarios de Malta entre 1551 y 1565 sobre la península entonces conocida como Isla de San Miguel formada por Dockyar Creek y French Creek en el Gran Puerto.

La zona aún es conocida como L-Isla, pero en la actualidad está ocupada por la ciudad fortificada de Senglea.

San Telmo fue tomado, pero San Miguel resistió el asedio, aunque con graves daños, y fue escenario de algunas de las más encarnizadas batallas del asedio.

Lo que restaba fue seriamente dañado por los bombardeos aéreos durante la Segunda Guerra Mundial.

Tras la guerra las ruinas fueron desmanteladas y el lugar convertido en un jardín público.