La forma única de Brunéi, donde su territorio se compone de dos porciones no contiguas, se traduce en su frontera con Malasia divida en dos segmentos: el uno englobando los distritos bruneianos de Belait, Brunéi y Muara y Tutong, formando lo esencial del territorio del sultanato.
Posteriormente, los rajás blancos de Sarawak anexaron sucesivamente territorios de Brunéi, como Sibu en 1853, Bintulu en 1861, Baram en 1882, Trusan en 1884, Limbang en 1890 y Lawas en 1901 (cedidos a la empresa British North Borneo que posteriormente transfirió el territorio a Sarawak en 1904).
Sin embargo, debido a los vínculos culturales entre los dos países, las disputas siempre han sido bajas y se consideran demasiado sensibles para que se debatan abiertamente.
La principal disputa terrestre fue sobre el distrito de Limbang que ha sido controlado por Sarawak desde 1890, mientras que la disputa sobre el territorio marítimo involucra prácticamente toda la sección profunda del mar de China Meridional reclamada por Brunéi que Malasia afirmaba como plataforma continental en su mapa de 1979.
[4][5] Aunque la reclamación sobre Limbang no se mencionó específicamente, la liquidación de la demarcación fronteriza termina esencialmente la reclamación de Brunéi sobre el territorio.