Empieza en el trifinio entre ambos estados y la República Checa entre los pueblos de Hohenau an der March (Austria) y Borský Svatý Jur (Eslovaquia) y continúa hacia el sur, hasta Devín, donde gira al este sobre el río Danubio, hasta el pueblo de Karlova Ves.
La frontera continúa hacia el sudeste, dejando el Danubio al lado eslovaco y llega al trifinio entre ambos estados y Hungría.
Su trazado actual fue fijado el día siguiente del fin de la Segunda Guerra Mundial, incorporando los territorios que hasta entonces habían permitido la construcción de una parte del barrio Petržalka de Bratislava.
En 1993, después de la Revolución de Terciopelo, Eslovaquia se separó de la República Checa y la antigua frontera checoslovaco-austriaca se convirtió la frontera eslovaco-austriaca.
Los pasos fronterizos fueron cerrados el 23 de diciembre de 2007, cuando ambos estados se incorporaron en el espacio Schengen.