Son famosas sus amistades con Lessing, Zelter y Mendelssohn, al igual que su enemistad con Kant, Fichte y Goethe.
Nicolai decidió escribir un final alternativo para la famosa novela Las cuitas del joven Werther, de Goethe, para que el mismo resultara más agradable.
En esta versión, llamada Die Freuden des jungen Werther (Las cartas del joven Werther), Albert, reconociendo las intenciones de Werther de suicidarse, llena las pistolas que le envía con sangre de pollo, evitando el suicidio de Werther y luego cediéndole gustosamente a su amada Lotte.
Goethe encontró esta versión desagradable y empezó una enemistad literaria con Nicolai de por vida.
Esta enemistad continuó con la colección de poemas Xenien, que Goethe escribiría más tarde.