La ciudad, fundada en 1567 por Federico II, tuvo en sus inicios una importancia defensiva para Noruega, y en los albores del siglo XX se convirtió en uno de los mayores centros industriales del país, siendo sus principales ramas la madera, la construcción naval, y actualmente la industria química y otras industrias ligeras.

La nueva ciudad se localizaba 15 km al sur de la original, en la desembocadura del río Glomma.

Durante la Guerra de Torstensson (1644-1645) entre Suecia y Dinamarca-Noruega, se levantó una fortificación temporal en la ciudad.

De esa manera, la ciudad cobró importancia estratégica para defender Noruega por el sureste.

En 1635, se fundó un suburbio en la ribera occidental del Glomma, Vestsiden, cuya población creció más rápido que la parte vieja y en poco tiempo se convirtió en el centro de gravedad demográfico.

Durante la fase noruega de la Gran Guerra del Norte, el almirante Peder Tordenskjold mantuvo su flota en Fredrikstad para enfrentar a los suecos.

La actual presidenta municipal es Jon-Ivar Nygård, afiliada al Partido Laborista.