Nació en Ciudad Real del Guayrá, población española hoy en día desparecida cuya localización está en el actual estado de Paraná, Brasil probablemente en el año 1569.
Aunque nacido en territorio español, es considerado actualmente como paraguayo debido a su condición de mestizo y guaraní parlante.
Allí se quedaron ambos, Fray Gabriel, ya ordenado sacerdote, adoctrinando, y Juan Bernardo, como hermano lego y ayudante del anterior, en la reducción de San Blas de Itá.
Llegó en junio de 1594, comprobando que el hermano dominico había sido ejecutado.
Los nativos los apresaron rápidamente, lo despojaron de su caballo y ropas, llevándolo a presencia del cacique.
Se comenzó por darle una suerte de poción previa al sacrifico, llamada chicha, que fray Juan Bernardo rechazó por considerar la ceremonia como pagana e idolátrica.
Seguidamente, le extirparon el corazón, y como éste seguía latiendo, temieron de la venganza que podía caerle del espíritu pues la víctima “seguía hablando con Dios”, y dejaron sus restos insepultos, por lo que no terminaron el rito mágico.