Una de sus más hondas pasiones fue coleccionar instrumentos originales, que también usaría en numerosas grabaciones.
Especialmente en la flauta de pico, Frans Brüggen tuvo una influencia casi tiránica para sus detractores, y difícilmente, menos que indispensable, para sus seguidores.
Lo cierto es que los conservatorios europeos con el tiempo adoptaron muchas ideas y preceptos tanto de él como de sus grandes colegas Anner Bilsma y Gustav Leonhardt entre otros.
Entre ellos Luciano Berio, quien dijera muy acertadamente: “Frans Brüggen es un músico que no solo es un arqueólogo; es un gran artista”.
Maki Ishii con "Black Intentions" (1975), una de las piezas más drásticas y acertadas de entonces, en la cual se tocan al mismo tiempo dos flautas sopranos una a 415hz y otra a 440hz, produciendo una disonancia casi robótica.
Es en ese año cuando funda su orquesta “La Orquesta del Siglo Dieciocho” de estilo Mozartiano, junto a colegas tan famosos en sus instrumentos como la violinista Lucy Van Dael, Eric Hoeprich en el clarinete y Marteen van Der Valk en las percusiones.