Allí trabajó en el Instituto croata de San Jerónimo durante tres años, en circunstancias difíciles.

En Roma encuentro muchos documentos sobre los Bogomilos, recogidos por la Iglesia católica durante la lucha medieval contra aquella herejía.

Quince años más tarde, Rački publicaría Bogomili i Patareni, un hito investigador sobre la Iglesia Bosni.

Aunque polémica e intrigante, aquella teoría dominó la investigación durante la mayoría de los siglos XIX y XX, pero sus premisas generales han sido mayoritariamente rechazadas por la historiografía moderna.

Aparte del mencionado Bogomili i patareni, fue autor dePovjesnik Ivan Lučić (El historiador Joannes Lucius), Nutarnje stanje Hrvatske prije XII.

El pináculo de su trabajo científico es el monumental Documenta historiae Croaticae periodum antiaquam illustrantia.

Sus actividades determinaron el trabajo de la Academia por varias décadas, especialmente en sus aspectos culturales y sociales.