En el año 1571, cuando Francisco tenía 16 años, su madre, Ursula Nádasdy (nacida Kanizsay), valiéndose de sus tratos con muchas familias nobles de Hungría, organizó un compromiso con la joven Isabel Báthory (o en húngaro: Báthory Erzsébet), hija de los condes Jorge (György) y Ana (Anna) Báthory.
Francisco estaba mucho más interesado en cultivar y conservar su forma física, destinado a mediar en las guerras húngaras.
Ni tan siquiera los Nádasdy, familia sanguinaria y en su mayor parte militar, podían competir en crueldad y locura con los Báthory, cuya excentricidad se había ido acrecentando a lo largo de décadas de bodas internas.
Incluso se ofreció invitación al emperador Maximiliano II, que no pudo acudir.
Por mutuo acuerdo, fue Francisco quien adoptó el apellido de soltera de su esposa, y no viceversa, ya que en esa época el apellido Báthory era mucho más ilustre que Nádasdy.
Principalmente fue edificado como puesto de vigilancia del camino que unía Hungría con Moravia, en la actual República Checa por la familia Hont-Pázmány.
Esto hizo que pasara cada vez menos tiempo con su familia, por lo que no fue hasta diez años después de la boda cuando su esposa y él concibieron a su primera hija, Ana (Anna).
Los descendientes de Francisco e Isabel fueron desterrados, por lo que marcharon a Polonia.