Se inició en las inferiores de Regional Atacama y en 1996 debutó en el primer equipo, en 1998 los problemas económicos llevaron a la quiebra al club, descendiendo a la Tercera División, desapareciendo posteriormente.

En 1999 es fundado Deportes Copiapó, el cual se transforma en el sucesor del extinto club atacameño, pasando algunos jugadores a formar parte de este nuevo equipo, entre ellos estaba Francisco Michea,[1]​ en el año 2001 pasa a jugar para Deportes Ovalle, luego pasó a Naval de Talcahuano el año 2004,[2]​ y en el 2005 defiende a O'Higgins dejando en ese mismo año el club tras la renuncia del cuerpo técnico,[3]​ en el 2006 vuelve a Deportes Copiapó.

En el año 2008 se transforma en el nuevo refuerzo de Coquimbo Unido,[4]​ en dicho club tuvo un entrevero con el técnico argentino Víctor Milanese Comisso,[5]​ ya en el final de su carrera como futbolista, en el 2009 vuelve a Deportes Copiapó, retirándose al final de la temporada 2011.

A mediados de 2016 Francisco Michea toma el mando del primer equipo de Deportes Copiapó, tras un infarto y posterior hospitalización del hasta ese entonces director técnico de los albirrojos, Rubén Sanchez.

[6]​ Tras unos meses en la banca copiapina, Francisco Michea deja el club, del cual fue entrenador interino para recalar en Deportes Vallenar quién debutaba en el fútbol profesional y marchaba último de la Segunda División.