Así mismo anuncia la creación de la Fundación Francisco Luzón para combatir la enfermedad y apoyar la investigación.

[10]​ La privatización total del holding supuso unos ingresos para el Estado desde 1993 a 1998 de 800 mil millones de pesetas,[11]​ cuando su valor en el año 1991 era prácticamente nulo (en términos contables similares a las otras entidades del sistema financiero).

A finales de 1996 Francisco Luzón se incorpora al Banco Santander como consejero y director general adjunto al presidente (Emilio Botín),[12]​ posición desde la que impulsó la transformación del Grupo Santander, iniciando un cambio de la cultura de gestión que la hizo más transparente y social; así como la fusión con el Banco Central Hispano, dando lugar, en enero de 1999, al Banco Santander Central Hispano.

En su etapa en el Banco Santander, Francisco Luzón llevó a cabo un nuevo hito en la banca con el Presidente del Grupo: el impulso a la expansión de una entidad española en Latinoamérica, que convirtió al Grupo Santander en ocho años (1999/2006) en la primera franquicia bancaria y financiera de la Región, con importante presencia en 10 países de América Latina.

Durante toda su trayectoria profesional, Francisco Luzón ha tenido una intensa presencia en Fundaciones y programas de apoyo a la educación y la investigación como manera de contribuir al desarrollo social.

Ha sido asesor del Gobierno de Puerto Rico, responsabilidad desde la cual ha impulsando su presencia e influencia en todo El Caribe y Latinoamérica.