Militante del PSOE, estuvo vinculado a otros importantes políticos socialistas, como su paisano José Antonio Viera.

Hasta el momento, se han detectado prejubilaciones irregulares por unos 12.3 millones de euros; subvenciones a empresas que no presentaban EREs o incluso a personas que nunca habían constituido una empresa por valor de 73.8 millones de euros; y comisiones desmesuradas a consultorías, bufetes o aseguradoras por aproximadamente sesenta millones.

Francisco Javier Guerrero Benítez fue imputado por la juez instructora del caso con motivo de la concesión de ayudas ilegales a diversos trabajadores y por incluir a los mismos en empresas en las que nunca trabajaron, así como por repartir arbitrariamente y sin control alguno ayudas millonarias a empresas en crisis de forma indiscriminada.

Estas concesiones millonarias eran repartidas sin control alguno y llegaron a diversos ayuntamientos, principalmente de Sevilla.

Debido a esto, fue expulsado del PSOE en el año 2011, antes de que se le condenase.