Una vez establecidas las relaciones con la Santa Sede, el gobierno se dirigió en ese sentido a la Santa Sede y propuso una terna de candidatos al obispado, en la cual figuraban fray Francisco y el padre José María Guzmán, también del Colegio de Zacatecas.

En 1841, México tuvo tres presidentes: Anastasio Bustamante, Francisco Javier de Echeverría y Antonio López de Santa Anna, lo que impidió una verdadera ayuda gubernamental.

Al llegar solo había 17 padres franciscanos, la mayoría avanzados de edad, estos estaban a cargo de 21 misiones indígenas y seis comunidades españolas.

El gobierno mexicano prometió un salario y el manejo del Fondo Piadoso de las Californias.

Pero en febrero de 1842, el presidente Santa Anna le confiscó dicho fondo.

En los últimos años sufrió cierta hostilidad de las clases populares que lo consideraban contrario a los intereses californianos.

Circular sobre la prohibición impuesta a los sacerdotes de intervenir en política (1831) 4.

Cartas a los padres Durán y González Rubio instituyéndolos vicarios generales (1846) 14.