En esa época abandona los estudios durante 5 años y se incorpora al ejército para participar en la Guerra Carlista.

Durante las vacaciones aprovechaba para hacer varios cursos opcionales: enfermedades del sexo, obstetricia y clínica quirúrgica.

En 1848, y tras haber finalizado los últimos cursos, se presentó al examen de licenciatura.

Eligió el tema 97: “Entre las operaciones quirúrgicas para la curación de la catarata hay alguna que merezca ser preferente?” Obtuvo un sobresaliente.

Más tarde se presentó al Premio Extraordinario de carrera, el cual le fue concedido por unanimidad.

Durante varios años estuvo impartiendo diferentes asignaturas en la universidad, sustituyendo a catedráticos por enfermedad o fallecimiento.

Junto con el matrimonio vivía su primo y cuñado Timoteo Sánchez Freire, estudiante de medicina en la misma facultad.

Volvería a Santiago como catedrático de Anatomía Quirúrgica, donde al poco muere Concepción, su primera esposa.

Al finalizar, escribieron y publicaron en 1880, por fascículos semanales, los tres tomos del libro: “Santiago, Jerusalén, Roma, Diario de una Peregrinación”, monumental obra de casi 2.000 páginas describiendo las peripecias y los lugares del viaje.

Poco después el Arzobispo murió, y nadie fue capaz de encontrar los huesos del santo por mucho que los buscaron.

Esa situación duró 300 años, tiempo durante el cual los peregrinos rezaron sobre una cripta vacía.