Francisco Javier Fernández Torrejón (Santiago, Chile, 19 de agosto de 1975) es un exfutbolista chileno.
Jugaba de defensa, a pesar de tener un pasado en juveniles como delantero, y militó en distintos equipos de Chile y Japón.
En Colo-Colo, el club donde debutó profesionalmente, en una Copa Chile el 14 de marzo de 1992 ante Unión Española (1-1), ganó muchos títulos y además llegó con los albos, a 2 semifinales de la desaparecida Supercopa y a 1 de la Copa Libertadores de América.
En 1994, tras su debut profesional, Fernández fue considerado por Leonardo Véliz para el Sudamericano Sub-20 de Bolivia, que se disputó en 1995.
Tras lograr la clasificación, fue considerado para la nómina final de La Rojita para el Mundial de la categoría en Catar.