Recibió sus primeros estudios de un profesor privado y luego fue enviado al Colegio de Montreal (Canadá), dirigido por los padres sulpicianos.

Se graduó en 1849 y decidió continuar la carrera eclesiástica, entrando al seminario mayor de Montreal.

Durante este periodo y siendo todavía estudiante se desempeñó como profesor de letras en el Colegio de Montreal.

[2]​ Completados sus estudios de teología, McNeirny regresó a Nueva York y fue ordenado sacerdote el 21 de mayo de 1854 por el arzobispo John Hughes.

[1]​ Durante su episcopado se erigió la diócesis de Ogdensburg (1872), aumentó considerablemente el número del clero diocesano, de iglesias y de escuelas católicas, colaboró para la fundación en la diócesis de institutos religiosos, trayendo consigo a los terciarios dominicos, a los redentoristas y a las hermanas del Buen Pastor; apoyó a la institución de la Congregación de Santa Catalina de Ricci[3]​ y, finalmente, contribuyó a la construcción de la catedral de la Inmaculada Concepción.