Una vez que Catalina se instaló en la Corte Tudor inmediatamente llamó la atención del envejecido Enrique VIII, quien estaba haciendo ya los arreglos para divorciarse de su actual esposa Ana de Cleves.
No está claro por qué motivos (probablemente un soborno para silenciarlo, pero es especulación) Catalina una vez Reina llamó a Dereham para convertirlo en su secretario personal, ya que, según todas las declaraciones, ella había iniciado ya una "relación" con Thomas Culpeper y no volvió a los brazos de su antiguo amante.
Torturado, confesó su antigua relación con Catalina; habló del precontrato pero negó que la relación prosiguiera después del matrimonio con el rey y acusó a Culpeper, quien lo había reemplazado en los afectos de la joven.
El adulterio con la esposa del Rey, considerado como alta traición, selló su destino.
El 10 de diciembre de 1541 Francis Dereham fue ejecutado por traición, con el castigo que incluía ahorcamiento parcial, destripamiento, castración, decapitación y descuartización tal como exigía la ley en estos casos.