Cursó el bachillerato y la licenciatura en filosofía y teología en el Seminario Arquidiocesano "San Pío X" en Mesina.

Ejerció su ministerio sacerdotal en un área periférica de la ciudad entre 1971 y 1988 y, más tarde, fue secretario particular de los Arzobispos Francesco Fasola e Ignazio Cannavò.

En la Conferencia Episcopal Italiana, desde 2013, es el presidente de la Comisión Episcopal para las Migraciones y presidente de la Fundación "Migrantes".

El arzobispo Montenegro acompañó al Papa Francisco cuando visitó Lampedusa en julio de 2013, su primer viaje oficial fuera de Roma.

[1]​[4]​ Fue creado cardenal presbítero de los Santos Andrés y Gregorio del Monte Celio, recibiendo la birreta y el anillo cardenalicio el 14 de febrero.