El fotoblanqueo, más conocido por su nombre en inglés, Photobleaching es la destrucción fotoquímica de un fluoróforo.Esto es especialmente problemático en la microscopía que toma imágenes a intervalos de tiempo.Sin embargo, el fotoblanqueo también se puede usar antes de aplicar moléculas fluorescentes (normalmente ligadas a anticuerpos) para eliminar la autofluorescencia.También se puede emplear el fotoblanqueo para estudiar el movimiento y/o difusión de moléculas, por ejemplo mediante las técnicas conocidas como FRAP o FLIP.La pérdida de actividad producida por el fotoblanqueo se puede controlar reduciendo la intensidad o la duración de la exposición a la luz incrementando la concentración de fluoróforos, o empleando fluoróforos más robustos que son menos proclives al blanqueo, por ejemplo, Alexa Flúor o Dylight Flúor.