Nacional participa en varias competencias internacionales, de carácter amistoso, y ha obtenido varios títulos en esas competiciones (se destacan las Punta Cup y el Mundialito Tahuichi Aguilera).

Santiago Romero anotó el primer histórico de la competición,[5]​ y Nacional ganó su grupo al derrotar a Libertad, Jorge Wilstermann y empatar con Universitario de Lima.

En 2018 obtuvo por primera vez para Uruguay la Libertadores Sub-20, disputada en Montevideo, al derrotar en la final a Independiente del Valle de Ecuador.

Nacional vive un gran momento en la formación de futbolistas en este siglo XXI y desde 2000 a la fecha han surgido jugadores como Diego Lugano, Juan Ángel Albín, Gonzalo Castro, Sebastián Viera, Mauricio Victorino, Carlos Valdez, Luis Suárez, Pablo Álvarez, Bruno Fornaroli, Mathías Cardaccio, Diego Arismendi, Nicolás Lodeiro, Santiago García, Sebastián Coates, Maximiliano Calzada, Facundo Píriz, Alexis Rolín, Nicolás López, Gonzalo Bueno, entre muchos otros; los cuales han sido transferidos a otros clubes económicamente más poderosos y han reforzado a las distintas selecciones uruguayas.

[4]​ En la actualidad, el canadiense Lucas Cavallini ha empezado a ser convocado en la selección mayor de su país,[11]​ también destacando el hecho del nigeriano Bruno Ibeh.