Mientras tanto, seguía entrenando con su padre y durante seis años jugó solamente con varones a los cuales superaba en técnica.

La premiación fue la décima cuarta entrega y fue elegida con otras 31 jóvenes promesas, en la que se destacaron otros deportistas como el tenista David Nalbandian.

[8]​ La despedida de San Lorenzo de Almagro, sería en el clásico contra el Club Atlético Boca Juniors para luego emigrar a otra institución con la camiseta azulgrana del Viejo Continente, el F.C Barcelona.

[12]​ En su paso por el Viejo Continente, la mediocampista o defensora, adquirió otras técnicas y experiencia en el juego debido a que la manera de jugar al futbol en España es diferente a como se juega en Argentina.

Por motivos de adaptación, familiares y algunas lesiones que la tuvieron sin jugar, decidió volver a San Lorenzo.

En diciembre del 2018, se llevó a cabo la entrega de los "Premios Xeneizes 2018" en el Polideportivo Quinquela Martín.

El partido se dio en el debut del Campeonato de Primera División ante 4000 socios en la platea baja.

Boca goleó 7-0 a River, logrando su título número 25 y quedando como las primeras campeonas en la era profesional.

[23]​[24]​ El 20 de noviembre del 2021, Florencia Quiñones disputaría el último superclásico por la semifinal del Torneo Clausura, logrando una victoria contra el Club Atlético River Plate por 3 a 0 y sacando el pasaje a la final del torneo que se llevó a cabo el 5 de diciembre de 2021, en el Estadio Centenario Ciudad de Quilmes, en donde Boca se consagró campeón por segunda vez en el profesionalismo frente a la UAI Urquiza, imponiéndose por 5-2, logrando Quiñones su segundo título con Boca Juniors.

Quiñones obtuvo su tercer título con Boca Juniors y se retiró como futbolista.

Durante 2006, fue nominada para participar en las clasificatorias para la Copa Mundial que se realizaría en China, en estas participó de tres partidos logrando anotar un gol, Argentina tuvo buenos resultados logrando clasificarse.

Luego en agosto viajó junto a la selección sub-20 por el Campeonato Mundial de dicha categoría, en el cual las argentinas solo obtuvieron una victoria ante el Congo.

Ya en 2007 nuevamente fue incluida con la selección absoluta para el Campeonato Mundial, en el cual tuvieron un mal desempeño, perdiendo todos sus partidos, dos de ellos por goleada.

Al año siguiente participó en los Juegos Olímpicos de Pekín,[27]​ en los que nuevamente la selección perdió los tres encuentros.

En 2011 ejerció como capitana en los Juegos Panamericanos, con un muy bajo nivel del equipo, que solo consiguió un empate ante Costa Rica.

[30]​ Desde el 4 de octubre la actual entrenadora, tuvo que dividir sus tareas para llevar a cabo su nuevo desempeño en la Selección Argentina y Boca Juniors.