Fueron vistos por primera vez por un grupo de exploración Forerunner en el planeta Seaward o G617 g1.
Son una supercélula viral altamente contagiosa, causante de la Guerra Forerunner-Flood, que duró 100 000 años.
Construyeron 12, 5 de ellas destruidas por Medicant Bias y el Arca, cada uno con una IA llamada monitor.
Todos los Halo contenían plantas de Almacenamiento Flood para su estudio y detención.
Al agotar todas las posibilidades estratégicas, los Forerunners dispararon los Halos, acabando con el primer brote destruyendo toda la vida consciente en la galaxia y, poco a poco, mataron al Flood virtualmente de hambre.
Los Forerunners se encargaron de que la vida continuara, preservando embriones y especímenes vivos.
Inconscientemente los Covenant liberan a los Flood y comienzan una guerra, para intentar meterlos a sus celdas de nuevo pero sin éxito, el parásito ya había crecido demasiado y los líderes del grupo habían sido consumidos.
Aunque la Biblioteca estaba infestada de Flood, el Jefe Maestro logra obtener el índice e iba a activar Halo, en eso, Cortana, la inteligencia artificial que lo acompaña, le dice que Halo no solo matará a los Flood sino su alimento, es decir humanos, Covenant y todo ser inteligente en un radio de 5.000 años luz (si se activan los 7 Halos al mismo tiempo, abarcaría toda la galaxia).
Una vez hecho esto fueron a rescatar al Capitán Jacob Keyes para obtener los implantes neurales y poder activar el núcleo de fusión del Pillar of Autumn.
Despues de esta impactante revelacion, el Jefe Maestro arranca los implantes neuronales con la mano.
Reaparecen en la Instalación 05 o Delta Halo, donde vuelven a pelear contra humanos y Covenant.
El profeta del Pesar, que había sido infectado pero aún consciente, no lo acepta.
Descubren también que 2401 Penitent Tangent, el monitor de la Instalación 05, había sido tomado por Gravemind.
Aunque Gravemind hizo creer que sus intenciones eran "buenas" siempre eran para salvar a los Flood únicamente.
Satisfactoriamente, los Flood llegan a capturar una fragata humana llamada "In Amber Clad" y con ella llegan a la ciudad Covenant que también orbitaba la zona espacial, Gran Caridad, capital del Covenant.
Al mismo tiempo, llega la Flota Sangheili y ofrece su ayuda a los humanos.
Finalmente Gravemind y todos los Flood mueren o eso se hizo creer.
Hablando entre ellos uno menciona la posibilidad de estar preparado para un ataque zombi, a lo que su compañero responde que deberían concentrarse en llegar al Pillar of Autumn en vez de pensar en semejantes tonterías.
Los Flood reaparecen en Halo Wars 2 en la expansión Awakening the Nightmare ubicado en la Instalación 00 (el Arca) cuando Pavium y Voridus son mandados por Atriox, Voridus se muestra confiado en entrar a las ruinas de Gran Caridad, al llegar a los restos de la ciudad y romper el escudo que la contenía se liberan los flood por lo que Pavium tiene como objetivo contener a los flood.
Una vez consigue introducirse, se acopla a la espina dorsal o la cara controlando el cuerpo, también controla diversos órganos que cambiaran de función, el código genético del huésped será cambiado, en otras palabras lo consume por completo.
Algunas de estas formas de combate son: Todos ellos pueden manejar armas (ellos solo pueden manejar vehículos en Halo 2 y Halo Wars 2) ya que los Flood adquieren toda su sabiduría incluso pueden llegar a ser mejores usuarios, sin embargo las formas de combate no se puede declarar un Flood 100% parásito ya que son solo mutantes, estas formas de combate pueden ser reanimada por una forma de infección Flood menos las forma pura Son seres con cantidades mayores de masa, que en su forma pura se arrastran y tienen dos pies, brincan muy alto, se pueden parar en la pared y son masa pura del Flood.