Flávio Araújo inició su carrera como futbolista en equipos del fútbol cearense como Ceará y Fortaleza, antes de convertirse en entrenador en clubes del noreste de Brasil, destacando inicialmente en Icasa.

En 2013, regresó al Sampaio y logró el ascenso a la Serie B, aunque no pudo conseguir el título de la Serie C.[2]​ Tras dejar Sampaio Corrêa en 2014, Araújo vivió un período destacado con Ríver-PI en 2015,[3]​ logrando el bicampeonato estatal y el ascenso histórico a la Serie C, siendo el primer club piauiense en alcanzar este logro.

Posteriormente, retornó al Fortaleza en 2016,[4]​ pero su etapa fue breve debido a resultados negativos.

[5]​ Luego, dirigió a Mogi Mirim y Cuiabá, enfrentando dificultades en ambos clubes,[6]​[7]​ antes de volver al Sampaio Corrêa,[8]​ donde intentó evitar el descenso sin éxito.

[11]​ Ese mismo año, fue contratado por el CSA,[12]​ logrando el título de la Serie C y un ascenso más a su carrera.