Posteriormente escribió para el Home Journal, The New York Times y la American Whig Review.
Su primera vinculación literaria importante fue con la revista Harper's Magazine, iniciándose en febrero de 1853 con The Two Skulls, (“Las dos calaveras”).
Contribuyó a esta revista con más de sesenta trabajos en prosa y verso.
Escribiría asimismo para New York Saturday Press, Putnam's Magazine, Vanity Fair y el Atlantic Monthly.
Su amigo William Winter reunió sus poemas y cuentos en el volumen The Poems and Stories of Fitz James O'Brien (Boston, 1881), al que se añadieron los recuerdos personales de los allegados que le sobrevivieron.