Fishkill se encuentra ubicada en las coordenadas 41°32′08″N 73°53′56″O / 41.53556, -73.89889.
Según la Oficina del Censo, la ciudad tiene un área total de 2,3 km² (0,9 mi²), de la cual 2,3 km² (0,9 mi²) es tierra y 0 km² (0 mi²) (2.60%) es agua.
Según la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $36,344, y los ingresos medios por familia eran $59,737.
Los hombres tenían unos ingresos medios de $48,750 frente a los $31,898 para las mujeres.
La renta per cápita para la localidad era de $26,504.