[3] Hay tres versiones del juego disponibles en todo el mundo, con diferentes historias y batallas:[4] El juego cuenta con dos facciones en guerra: Hoshido y Nohr.
El personaje del jugador Corrin (Kamui, カ ム イ?
)[5] - cuyo nombre, apariencia, y género puede ser personalizado - puede elegir ponerse del lado de cualquiera de ellos, lo que hace que la trama vaya en dos direcciones diferentes.
[6] Con posterioridad al anuncio de salida del juego, salió a la luz la existencia de otro camino adicional, Fire Emblem Fates: Revelación, en el cual el protagonista decide no apoyar ni a Nohr ni a Hoshido.
Esta opción puede ser adquirida a modo de contenido adicional o con la compra de la edición especial del juego, en la cual se incluyen los tres caminos a elegir.