Su labor principal consiste en conservar material fílmico, especialmente el relacionado con Canarias, y acercar el mismo al público mediante su proyección.
Este último se centra principalmente en los cineastas canarios de las décadas anteriores a los años ochenta.
Así mismo, es el área encargada de la investigación del cine en Canarias.
La Filmoteca trata de acercar, mediante una oferta permanente, el cine no comercial que difícilmente llegaría a los espectadores; para ello, proyecta una amplia variedad de títulos, siempre en versión original subtitulada (V.O.S.E.).
La Filmoteca realiza ciclos de cine en las siete islas, intentando llegar a ellas en colaboración con los Cabildos Insulares.