Su principal objetivo es distribuir y vender los libros que edita la casa matriz.
Además, mantiene el intercambio lingüístico entre los mundos de habla hispana y portuguesa.
Ha publicado coediciones con organismos internacionales como el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) y la Comisión Económica para América Latina (CEPAL).
Desde 1975 el Fondo de Cultura Económica se constituyó como agencia en Colombia.
Si bien su objetivo inicial era importar y distribuir los libros del FCE, operando como una comercializadora.
En la actualidad la filial Colombia cuenta con una red de distribución nacional y una librería propia en Bogotá que ofrece al público su catálogo.
La filial cuenta con la Librería Juan Rulfo en Calle Fernando El Católico núm.
En 2007 se logró entrar en el catálogo de NEA National Endowment for the Arts cuyo proyecto The Big Read enfocado en promover la lectura en las comunidades hispanas del país, en donde FCE publicó un título especial para dicho programa "Sun, Stone and Shadows" [Sol, Piedra y Sombras], constituyendo un vínculo entre el FCE y una organización gubernamental estadounidense.
La dirección postal de las oficinas y de la librería Blanca Varela se ubica en Jirón Berlín número 238 y la Librería Café, inaugurada en el 2014, en Esperanza número 275, también está localizada en Miraflores.
Han sido gerentes de la filial del FCE en Lima destacadas personalidades como las poetas Magda Portal y Blanca Varela.
En los últimos años se ha fortalecido el trabajo editorial de la filial con obras de autoras y escritores como Carlos Germán Belli -Premio Nacional de Cultura 2016-, José Carlos Agüero -Premio Nacional de Literatura No ficción 2018 con la obra "Persona" (FCE)-, Jacqueline Fowks -Premio Anual al Periodismo y Derechos Humanos 2019-, Fernando Iwasaki, Mauro Mamani, Victoria Guerrero, Irma del Águila, Mario Montalbetti, Juan Carlos Ubilluz, Miguel Giusti, Oswaldo Chanove, Luis Rebaza Soraluz, Fietta Jarque, Francisco Sagasti -Premio Robert K. Merton 2018- y Julio Ortega.