Inicialmente fue diseñado para funcionar en Microsoft Windows, pero desde la versión 3.0.0, gracias al uso de wxWidgets, es multiplataforma, estando disponible además para otros sistemas operativos, entre ellos GNU/Linux, FreeBSD y macOS.El código fuente de FileZilla y las descargas estaban[3] hospedadas en SourceForge, el cual presentó FileZilla como el Proyecto del Mes en noviembre de 2003.[4] Actualmente hospeda el código fuente en su propio sitio web y las descargas en Open Hub.A pesar del nombre, no guarda ninguna relación con la Fundación Mozilla ni con sus productos como el navegador Mozilla Firefox.[5] La versión alfa fue lanzada a finales de febrero de 2001, y todas las características requeridas se incorporaron en la beta 2.1.