Bajo el mando de Enrique Isaías Barquet, La Filantrópica fomentó el desarrollo de la pequeña industria, el comercio y la agricultura, y se consolidó como una institución financiera fuerte y solvente, hasta su muerte en 1960, cuando la familia decidió conservar el banco e inyectarle capital.

Hasta 1998, perteneció a la Familia Isaías por tres generaciones, colapsó en el año 2001 luego de la crisis bancaria que acabó con la mitad del sistema financiero del Ecuador.

Fue fusionado por el gobierno con el Banco La Previsora mediante una operación cuestionada ya que el Filanbanco debió asumir las enormes pérdidas de Banco La Previsora.

Casi 10 años después, la AGD cumplió lo prometido y empezaron a incautar empresas del Grupo Isaías, Filanbanco fue una de ellas; con esto se empezó a devolver el dinero a muchos perjudicados, que no pudieron recuperarlo durante mucho tiempo.

Pero falta mucho por seguir y tomar acciones legales contra el grupo Isaías con el fin de recuperar el dinero entregado a esta, estimado en 661 millones de dólares.