El 13 de septiembre de 1946, la São Paulo Railway pasó a manos del gobierno brasileño al expirar la concesión otorgada y se convirtió en una empresa estatal.
[3] Aunque se convirtiera en filial de una empresa mayor, seguiría manteniéndose como entidad jurídica independiente y continuó con su nombre tradicional hasta 1969, cuando se extinguieron definitivamente todos los miembros de la RFFSA.
Su red se convirtió entonces en la 9ª División Operativa de la RFFSA y, junto con las vías de la Estrada de Ferro Noroeste do Brasil constituyó el Sistema Regional Centro Sur.
En 1975, se suprimieron las divisiones operativas y lo que había sido el Sistema Regional Centro Sur pasó a denominarse Sistema Regional N.º 4 (SR-4), con sede en São Paulo, que incorporó también el sistema de trenes de cercanías de la antigua Estrada de Ferro Central do Brasil en la Gran São Paulo.
En 1989, la antigua red NOB se separó para formar la SR-10.