Completó su formación teológica en la Universidad de Lovaina entre 1968 y 1970.
[1] En este esfuerzo, lo acompañaron los jesuitas César Jerez y Ricardo Falla.
[2] En 1978, contribuyó a la formación del Comité de Unidad Campesina, entidad que buscaba la defensa de la población rural.
Pocos meses después, pasó a formar parte de la Dirección Nacional del EGP, encabezada por Rolando Morán.
Fernando fue enviado a organizar las fuerzas del Frente Guerrillero Ho Chi Mihn en la región del Triángulo Ixil, tuvo que dirigir la respuesta a la ofensiva del régimen militar del general Efraín Ríos Montt, basada en la estrategia de tierra arrasada.