Al finalizar el campeonato, su equipo descendió a la Primera B Nacional y Fernando no logró sumar minutos en lo que restaba del año.

Su debut en Segunda División se produjo ante Atlético Rafaela, en la fecha 25, donde Coniglio ingresó a los 79 minutos.

[4]​ En la temporada 2012-2013 no fue tenido en cuenta durante los primeros partidos por el entrenador Miguel Ángel Russo y recién fue titular en la fecha 11 ante Douglas Haig, allí anotó el empate parcial de Central en la derrota por 3 a 1.

Terminó la primera rueda como titular, pero durante la segunda mitad del torneo fue suplente de Javier Toledo.

En la última fecha del campeonato local marca un doblete en la victoria por 3-0 ante Aldosivi, lo que le permitió a Olimpo evitar el descenso y permanecer en la Primera División.

Fue preseleccionado para participar en la Copa Mundial Sub-20 de 2011, pero finalmente no formó parte del plantel.