Allí ejerció su cargo desde mayo del año 1997 y fue obligado a renunciar en junio de 2012, por un escándalo amoroso.

[4]​ Bargalló comparte la posición crítica de la Iglesia argentina en relación con el gobierno del matrimonio Kirchner:[5]​

En los últimos años, el obispo Bargalló se ha visto envuelto en un enfrentamiento personal con el intendente del Partido de Merlo, Raúl Othacehé.

Entre los curas que fueron objeto de persecución se mencionan a Raúl Vila, Miguel Velo, Juan Carlos Martínez y Luis Guzmán Domínguez.

[7]​ Esta situación llevó al entonces Obispo a organizar un movimiento desde la iglesia que congregaba a las distintas fuerzas políticas y piqueteras de la oposición, en reuniones donde el activismo político y los debates sociales se extendían hasta altas horas de la noche.

La renuncia fue aceptada[21]​ por el papa Benedicto XVI y como Administrador Apostólico de la diócesis fue designado monseñor Jorge Casaretto.