Asimismo ha desempeñado varios cargos públicos a nivel local en el Distrito Federal.

En el año 2000 inició su trayectoria en la gestión pública como diputado federal suplente en la LVII Legislatura del Congreso de la Unión por el Partido Acción Nacional.

Durante este tiempo impulsó la promoción deportiva, ferias y brigadas de salud, asesoría jurídica para la adquisición de vivienda, así como diversas actividades culturales y recreativas.

Coordinó el programa "Cazabaches", cuyo propósito fue darle mantenimiento al pavimento, a solicitud de las demandas ciudadanas que se recibían vía telefónica.

Sería en este mismo año cuando se afiliaría definitivamente al Partido de la Revolución Democrática.

Dicha agencia da seguimiento a demandas ciudadanas relacionadas con servicios urbanos y obras públicas, además de construir una ciudad con orden y de largo plazo.

En las elecciones intermedias del 2021el PES sería incapaz de alcanzar el porcentaje mínimo para conservar su registro y como consecuencia, tampoco sería capaz de obtener diputaciones plurinominales, lo que dejaría a Fernando Aboitiz fuera del congreso local.